Serie I
- Leggi, Allogazioni, Consigli resi, che si riferiscono all'amministrazione e alle Fabbriche (5, 1331-1720).
- Riforme dell'Opera durante il Principato (8, 1561-1685).
- Memorie ecclesiastiche, Privilegi ecc. relativi all'Opera Secolare, e alla Chiesa di S. Maria del Fiore (13, secc. XIII-XVII).
- Arte della Lana (1, 1545-1629).
- Memorie diverse (10, sec. XVI-1848).
- Libri estranei all'Opera (4, 1446-1462).
Serie II
- Bastardelli contenenti le prime note delle Deliberazioni degli Operai prese dai notari Cancellieri (93, 1354-1459)
- Registri di Deliberazioni (27, 1425-1731).
- Amministrazione dei Fabbricieri. Deliberazioni (1, 1809-1814).
- Bastardelli di stanziamenti e memorie, tenuti dal Cancelliere o notaro; e prima alcune ricordanze tenute dal Provveditore (36, 1353-1776).
- Diverse entrate e uscite (6, 1481-1608).
- Giornaletti di decreti del Magistrato dell'Opera (19, 1678-1789).
Serie IV
- Copia lettere del Provveditore (22, 1599-1790).
- Negozi del Provveditore (201, 1629-1818).
Serie V
- Copialettere della Cancelleria e del Provveditore (43, 1506-1792).
- Lettere della Cancelleria e del Provveditore (16, 1564-1651).
- Giustificazioni di Cancelleria, con appendice (110, 1520-1818).
- Conti (32, 1581-1818).
- Copialettere e conti per legnami (8, 1590-1634).
Serie VII
- Debitori e Creditori (100, 1443-1818).
- Mandati d'Entrata e Uscita (73, 1779-1818).
Serie VIII
- Quaderno di Cassa e Riscontro di Cassa (514, 1434-1818).
- Entrata e Uscita. Quaderno tenuto dal Cancelliere (77, 1539-1580).
- Entrata e Uscita. Quaderno tenuto dal Camarlingo (408, 1446-1778).
- Giornale (23, 1447-1819).
- Spese per la Chiesa (7, 1644-1779).
- Amministrazione dei Fabbricieri (5, 1809-1817).
Serie IX
Amministrazione dei Beni della Romagna e Casentino (249, 1662-1817).
Serie XI
- Deliberazioni (6, 1818-1934).
- Negozi (97, 1818-1934).
- Giustificazioni di Computisteria (106, 1818-1933).
- Mandati di Entrata e Uscita (105, 1818-1933).
- Registri contabili (52, 1818-1933).
- Registro annuale dei lavoranti (91, 1844-1934).
- Altri registri varii di contabilità (43, 1844-1917).
- Appendice di filze (24, 1785-1934).
Serie XIII
- Amministrazione autonoma per erigere la nuova facciata di Santa Maria del Fiore (112, 1858-1934).
Serie XIV
- Protocollo di corrispondenza (2, 1933-1949).
- Deliberazioni (2, 1934-1948).
- Corrispondenza e affari (5, 1934-1949).
- Giustificazioni di computisteria (15, 1934-1948).
- Mandati d'entrata e uscita (15, 1934-1948).
- Mandati d'entrata e uscita con giustificazioni di computisteria (2, 1949).
- Copia mandati (16, 1933-1948).
- Registro annuale dei lavoranti e delle opere impiegate da essi (15, 1935-1949).
- Libro cassa (3, 1938-1946).
Serie XV
- Gestione dei restauri ai Monumenti insigni dell'Opera di S. Maria del Fiore (21, 1933-1945).