santa reparata
mosaico della Chiesa di Santa Reparata

Il pavimento  della chiesa, nota anche come cripta, è da ammirare, poiché è formato da un bellissimo mosaico policromo con decorazioni geometriche, tra le quali anche il motivo della croce, non dissimili dai pavimenti musivi del Duomo d'Aquileia. Da notare un bellissimo pavone simbolo d'immortalità, uno dei pochi elementi figurativi rimasti.

Un affresco fiorentino della metà del XIV secolo che decorava la parete semicircolare dell'abside di destra, opera di un pittore giottesco della metà del trecento, fa pensare che Santa Reparata, pur condannata a morte e già inserita nella nuova Cattedrale, godeva ancora dell'attaccamento dei fiorentini.

Numerose le lastre tombali. Fra queste, quella bellissima di Lando di Giano, cappellano di Santa Reparata, morto nel 1353, quella di Niccolò Squarcialupi del 1313, quella di Giovanni Di Alamanno de'Medici, morto nel 1352, e forse, ma ancora non è certo, anche i sepolcri di due Papi: Stefano IX e forse Niccolò II, già Vescovo di Firenze nel 1058.Nel corso della campagna di scavi è stata ritrovata anche la tomba di Filippo Brunelleschi, mentre non ci sono tracce di quelle di Giotto, Arnolfo di Cambio, Andrea Pisano, anche loro, secondo la tradizione, qui sepolti.